После переселения в Новую Англию, пуритане отказывались принимать английские законы о веротерпимости и сами принялись казнить иноверцев: некогда гонимые очень быстро превращались в гонителей.
В частности, они запретили квакеризм во всей колонии Массачусетс. Также запрет был введен в колонии Плимут и по всем колониям на реке Коннектикут. 27 октября 1659 года за исповедание квакеризма были публично казнены Мармадюк Стивенсон и Уильям Робинсон, в 1660 году была повешена Мэри Дайер за протест против заключения и казни обоих, а в 1661 году был повешен квакер Уильям Леддра из Барбадоса.
Ещё ранее в 1647 году пуритане запретили присутствие иезуитов в своих колониях. Повторное нарушение так же, как в случае квакеризма, каралось смертью.
Жёсткие законы были приняты даже против англикан, унитариан и баптистов.
В 1661 году король Карл II специальным указом запретил кого-либо казнить в Массачусетсе за квакеризм (запрет, впрочем, не распространялся на унитариан и иезуитов), в 1684 у колонии Массачусетс была отозвана хартия, в 1686 году в колонию прибыл королевский губернатор, а в 1689 году был принят Акт о Веротерпимости, который отменял смертную казнь за вероисповедание вообще для всех. Точнее, почти для всех: для отрицающих троицу было сделано специальное исключение.
Несмотря на все запреты, пуритане не прекратили охоту на ведьм. Так, знаменитые Салемские процессы состоялись уже после формального введения в действие в колонии Массачусетс Акта о Веротерпимости — в 1692-1693 годах. Казни ведьм в колонии Виргиния задокументированы с 1626 по 1740-й годы. Казни ведьм в колонии Мэриленд происходили с 1654 по 1712 годы.
Унитариан в Новой Англии прекратили преследовать только с образованием Соединенных Штатов (1776). В самой же "Старой" Англии унитариан перестали казнить с начала XIX века, законы, предписывающие казнь за отрицание доктрины троицы, были отменены в конце XIX века, ограничение по доступу к государственной службе были сняты для унитариан последовательно в 1920-х и 1930-х годах, а прецеденты, в соответствие с которыми можно было назначать смертную казнь за отрицание доктрины троицы, были последовательно отменены только в 1990-х.
Большинство Отцов Основателей США придерживалось деизма или унитарианства.